Здравствуйте, Валентина.
На мой взгляд, если у Вас в одном и том же периоде возникла и продажа доли в уставном капитале и есть право на имущественный налоговый вычет, то оба эти фактора должны быть учтены в налоговой декларации. Если я правильно понимаю, Вы в декларации заявили только возврат налога по ипотеке. В таком случае надо составить уточненную декларацию за 2012 год, в которой учесть все доходы и все вычеты, таким образом уменьшив общую сумму налога к уплате.
Соберите весь комплект документов - справку 2НДФЛ за 2012 года, документы по покупке квартиры (договор купли-продажи, договор ипотечного кредитования, справку об уплаченных процентах по кредиту, договор купли-продажи акций) и приходите к нам. Думаю, есть возможность всё исправить. Можете позвонить мне лично по телефону 70-10-48.